Metabase är utformat för att integreras med befintliga verktyg och omvandla data till tillgängliga insikter, med bibehållen kontroll över datatillgång. Plattformen erbjuder tre typer av kopplingar: officiella (byggda och hanterade av Metabase), partnerkopplingar (i samarbete med partners) och community-kopplingar (byggda av communityn). Ett brett spektrum av datakällor stöds, inklusive molntjänster som Amazon Athena och Redshift, datalager som BigQuery och Snowflake, samt relationsdatabaser som MySQL, PostgreSQL och Oracle Database. Metabase kan ansluta till både öppen källkod och kommersiella databaser, samt distribuerade datalager och analysmotorer som Apache Spark och Presto.