SQLite är designat för att vara robust mot skadliga SQL-input och databasfiler, men ytterligare säkerhetsåtgärder rekommenderas för applikationer som hanterar otillförlitliga data för att förhindra krascher, minneskorruption och DoS-attacker. För att skydda mot otillförlitliga SQL-input bör applikationer aktivera sqlite_dbconfig_defensive, minska systemgränser, använda sqlite3_set_authorizer() för att begränsa SQL-funktioner, samt implementera sqlite3_progress_handler() eller sqlite3_interrupt() för att förhindra långvariga körningar. Minneshantering är kritisk; artikeln rekommenderar att begränsa SQLite:s minnesallokering med sqlite3_hard_heap_limit64() eller sqlite_max_allocation_size, samt att använda sqlite_enable_memsys5 för inbäddade system för att förhindra minnesrelaterade DoS-attacker och sandlåda minnet. Vid hantering av otillförlitliga databasfiler bör man använda SQLite3_db_config(db,sqlite_dbconfig_trusted_schema,0,0) eller pragma trusted_schema=off för att förhindra körning av skadliga funktioner eller virtuella tabeller, och överväga att inaktivera triggers och vyer om de inte används. För högrisksdatabasfiler, som de från avlägsna källor, rekommenderas ytterligare kontroller som pragma integrity_check och pragma cell_size_check=on som de första SQL-satserna efter att databasen öppnats för att säkerställa dess integritet.