Det fria skolvalet och friskolereformen bidrar till ökad skolsegregation, där resursstarka elever oftare väljer fristående skolor och undviker skolor i socioekonomiskt utsatta områden. Forskning från bland annat Stockholms universitet och IFAU visar att familjer med hög utbildning och god ekonomi är de som främst utnyttjar skolvalet, ofta genom strategisk planering och med hänsyn till skolans rykte. Skolor i socioekonomiskt utsatta områden har svårt att hävda sig på grund av sitt geografiska läge och stigmatiserande föreställningar, trots att elever kan trivas där. bostadssegregationen identifieras som den största bakomliggande orsaken till skolsegregationen, och det fria skolvalet förstärker i praktiken denna segregation snarare än att bryta den. Studier indikerar även att skolor kan styra bort elever med särskilda behov, drivna av marknadsmekanismer där varje elev är en intäkt.