App Engine-applikationer har ett skrivskyddat filsystem för distribuerade appar, vilket innebär att de inte kan skriva till den lokala filstrukturen av säkerhets- och skalbarhetsskäl. För skriv- och läsoperationer måste App Engine-applikationer istället använda Google cloud storage (GCS) som ett alternativt, skalbart och redundant filsystem. Att konvertera en app för att använda GCS innebär att konfigurera ett molnprojekt, ändra filsökvägar till GCS-buckets och anpassa uppladdningsformulär för att använda GCS. På grund av det skrivskyddade filsystemet kan plugins som WordPress inte installeras eller uppdateras direkt från den distribuerade appen; detta måste göras lokalt och sedan distribueras om. GCS stöder de flesta standardfunktioner för filsystem via en PHP-stream wrapper, men filtillägg (appends) stöds inte direkt, och syslog rekommenderas för loggning.