Polisen har hemligstämplat stora delar av utredningsmaterialet om Estonias last och olycksorsak, vilket omfattar cirka 15 000 sidor i 27 lådor förvarade i polishuset Kronoberg. Materialet inkluderar fartygets lastmanifest, spaningsuppslag och korrespondens med bland annat Ryssland och UD, trots att brottsutredningen lades ner 1998 av chefsåklagare Tomas Lindstrand. hemligstämplingen motiveras med skydd för enskilda personer och att det är orimligt att maska känsliga uppgifter i det omfattande och ostrukturerade materialet, med hänvisning till ett regeringsrättsbeslut från 1992. Kritiker som Inga-Britt Ahlenius och Nils Funcke ifrågasätter beslutet och menar att materialet bör göras tillgängligt för att öka transparensen och motverka konspirationsteorier, särskilt med tanke på nya upptäckter om fartygets skrov.