Matomo erbjuder spårningsalternativ utöver standard JavaScript för webbplatser, inklusive stöd för mobilappar, API:er och server-backends. Officiella SDK:er finns tillgängliga för PHP, Java och C#, kompletterade med community-bidrag för språk som C++, Node.js och JavaScript-ramverk. Om server-side spårning inte är möjlig, kan Matomo importera webbserverloggar med sitt logganalysverktyg. Utvecklare uppmanas att bidra till förbättringen av SDK:erna genom att rapportera buggar, föreslå funktioner och skicka in Pull requests på GitHub. PHP SDK framhålls som den mest aktuella och en referens för att implementera nya SDK:er, då Matomo självt använder den för server-side spårning.