Carnegie drabbades av flera skandaler under 2007-2008, inklusive en stor insiderhärva där uppemot en miljard kronor tros ha stulits. Banken sparkade anställda för att ha blåst upp vinstresultatet med 630 miljoner kronor genom falska beräkningar för att säkra högre bonusar. En separat insiderhärva involverade en Carnegie-anställd som läckte information om en Biacore-försäljning, vilket ledde till aktievinster. Finansinspektionen kritiserade Carnegie skarpt för bristande intern kontroll, vilket resulterade i att VD och styrelse fick sparken samt en bot på 50 miljoner kronor. Carnegie led även stora förluster på grund av utlåning till kunder, bland annat finansmannen Maths O. Sundqvist, som förlorade en lånad miljard.