MySQL erbjuder unik flexibilitet genom att tillåta användning av olika tabellmotorer för olika delar av en databas, vilket möjliggör optimering för specifika behov som sessionsdata, webbloggar eller affärstransaktioner. Artikeln beskriver flera standardmotorer som MyISAM (tidigare standard, snabb men utan ACID-stöd) och InnoDB (nuvarande standard, ACID-kompatibel med radnivålåsning och referensintegritet). Specialiserade motorer som Archive för historisk data, Memory för snabb temporär lagring, och Blackhole för att kassera data belyses som exempel på hur unika egenskaper kan uppnås. Utöver inbyggda alternativ finns tredjepartsmotorer som Sphinx och TokuDB för nischad funktionalitet, och det är även möjligt att utveckla egna tabellmotorer för mycket specifika applikationskrav.