Program som kraschar på Alpine Linux beror ofta på att de förlitar sig på trådstackstorlekar som inte är garanterade, vilket indikerar bristande portabilitet. Olika operativsystem och plattformar har varierande standardstorlekar för trådstackar för underordnade trådar; GNU/Linux har en betydligt större standard (8 MiB) jämfört med Alpine (upp till 128 KiB) och OpenBSD (så lågt som 64 KiB). Skillnaden i standardstackstorlekar, särskilt den stora standarden på GNU/Linux på grund av "overcommit mode", kan orsaka krascher på system med mindre standarder när kod antar att 8 MiB stack är tillgänglig för varje tråd. Lösningar inkluderar att antingen ändra programmets kod (t.ex. flytta stora variabler från stacken till tråd-lokal lagring eller heap-lagring) eller justera trådstackstorleken vid körning eller länkning. Verktyg som chelf eller muslstack kan också användas för att patcha förkompilerade binärer för att justera stackstorleken, även om detta inte rekommenderas för paketering.