Amazon Athena debiterar användare baserat på körtid för Apache Spark-applikationer, med en timtaxa per DPU (Data processing Unit) som faktureras per sekund. En DPU tillhandahåller 4 vCPU och 16 GB minne, och fakturering sker i steg om 1 sekund, avrundat uppåt till närmaste sekund. Athena provisionerar automatiskt noder (Notebook, driver, worker) för Spark-sessioner och släpper dem när applikationen är klar, vilket minimerar inaktiva avgifter. Notebook-noder och användargränssnittet på Athena-konsolen för att skapa och köra Spark-applikationer erbjuds utan extra kostnad. Priset för Apache Spark-kodexekvering är $0.35 per DPU-timme, fakturerat per minut.